- 1884年（明治17年）
- 大阪商船会社（1893年より大阪商船(株)、現(株)商船三井）設立
- 1907年（明治40年）
- 大阪商船(株)に内航部新設
- 1912年（明治45年）
- 大阪商船(株)が阪神・別府航路開設
- 1942年（昭和17年）
- 大阪商船(株)の内航部を分離し関西汽船(株)設立
- 1968年（昭和43年）
- 九四阪神フェリー(株)設立
- 1969年（昭和44年）
- 九四阪神フェリー(株)が(株)ダイヤモンドフェリーに社名変更
- 1970年（昭和45年）
- (株)ダイヤモンドフェリーが神戸・大分航路で営業開始
- 1972年（昭和47年）
- 日本沿海フェリー(株)が東京・苫小牧航路の運航開始
日本高速フェリー(株)が名古屋・高知・鹿児島航路に初代「さんふらわあ」を就航
- 1974年（昭和49年）
- 九州急行フェリー(株)設立
- 1977年（昭和52年）
- 九州急行フェリー(株)が東京・苅田航路で営業開始
- 1983年（昭和58年）
- 九州急行フェリー(株)が東京・苅田航路を追浜・苅田航路に変更
- 1990年（平成2年）
- 日本沿海フェリー(株)が日本高速フェリー(株)の東京・那智勝浦・高知航路および大阪・志布志・鹿児島航路を譲り受け、(株)ブルーハイウェイラインに社名変更
- 1991年（平成3年）
- (株)ブルーハイウェイラインが全ての保有フェリーの船体デザイン・船名を「さんふらわあ」に統一。ファンネルマークを大阪商船三井船舶(株)のオレンジ一色に変更
- 1994年（平成6年）
- (株)ブルーハイウェイラインが大三海運から東京・博多航路、東京・中四国航路・自動車専用船部門の貨物船航路を譲り受ける
- 1997年（平成9年）
- (株)ブルーハイウェイラインが東京・苫小牧航路で大洗寄港を開始
- 1999年（平成11年）
- (株)ブルーハイウェイラインが東京・大洗・苫小牧航路で東京・大洗間の運航を休止し、大洗・苫小牧航路を増便
- 2000年（平成12年）
- (株)ブルーハイウェイラインが大阪・志布志航路を分社化し、(株)ブルーハイウェイライン西日本設立
- 2001年（平成13年）
- 商船三井フェリー(株)設立。(株)ブルーハイウェイラインの大洗・苫小牧航路を引継ぎ営業開始
- 2005年（平成17年）
- (株)ダイヤモンドフェリーと関西汽船(株)が営業組織を統合し、「フェリーさんふらわあ」（共同運航センター）設立
- 2007年（平成19年）
- 商船三井フェリー(株)が九州急行フェリー(株)と合併し、貨物船航路の追浜・苅田航路を継承
(株)ダイヤモンドフェリーが(株)ブルーハイウェイライン西日本と合併
- 2011年（平成23年）
- (株)ダイヤモンドフェリーと関西汽船(株)が合併し、(株)フェリーさんふらわあ発足
- 2014年（平成26年）
- 商船三井フェリー(株)が追浜・苅田航路を休止、苅田航路の関東側発着地を東京に一本化
- 2019年（令和元年）
- 商船三井フェリー(株)が東京・苅田航路でデイリー運航を開始
- 2022年（令和4年）
- 「さんふらわあ」誕生50周年
- 2023年（令和5年）
- 商船三井フェリー(株)と(株)フェリーさんふらわあが事業統合、(株)商船三井さんふらわあ発足
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